• 10 czerwca, 2022

Sekwencjonowanie i analiza genomowego DNA i cDNA kodującego TNF-alfa u małpy wiewiórki (Saimiri sciureus)

Jeśli szereg cytokin i czynników wzrostu, które zostały scharakteryzowane z komórek ludzkich, zbadano na naczelnych innych niż ludzie, wyniki takich podejść umożliwiłyby opracowanie testów do wykrywania i ilościowego oznaczania cytokin w modelach eksperymentalnych. Czynnik martwicy nowotworu-alfa (TNF-alfa) jest ważną pluripotencjalną cytokiną, która odgrywa kluczową rolę w obronie gospodarza. Jak dotąd nie doniesiono o pełnych danych molekularnych dla TNF-alfa małpy wiewiórki. Startery do łańcuchowej reakcji polimerazy (PCR) zastosowano do śledzenia intronów, porównując rozmiary produktów otrzymanych przy użyciu cDNA i genomowego DNA jako matryc.
Genomowy DNA składa się z czterech eksonów i trzech intronów z 1793 nukleotydami. Odpowiadający mu cDNA składa się z 702 nukleotydów, a analiza filogenetyczna wykazała, że ​​Saimiri sciureus był najbliżej spokrewniony z rodzajem Aotus, naczelnym nowego świata, w porównaniu z naczelnymi ze starego świata (rodzaj Macaca i Papio). Wydedukowane białko TNF-alfa składa się z 233 aminokwasów, które są w 82% identyczne z człowiekiem, 95% z małpami z nowego świata i 79% z małpami ze starego świata. Sklonowany cDNA TNF-alfa będzie przydatny do ilościowego oznaczania TNF-alfa na poziomie mRNA.

Przezłożyskowa ekspozycja na cisplatynę wywołuje trwałe uszkodzenia mitochondrialnego i  genomowego  DNA płodu u małp  patas  .

W poprzedniej próbie modelowania przezłożyskowej ekspozycji na cisplatynę i genotoksyczności wykorzystano kilka ciężarnych małp Erythrocebus patas; większość zwierząt była eksponowana pod koniec ciąży, a analizy adduktów cisplatyny-DNA obejmowały tylko genomowy DNA. Tutaj określono tworzenie adduktów genomowego i mitochondrialnego DNA u płodów dwóch ciężarnych małp wystawionych na działanie pod koniec drugiego trymestru ciąży. Mnogie tkanki płodowe uzyskano po podaniu dawek 0,315 mg cisplatyny/kg masy ciała (łącznie 5,3 mg/m2) w 101. i 106. dniu ciąży.
Cięcia cesarskie wykonano 24 godziny po ekspozycji i 27 dni po ekspozycji. Addukty genomowego (g)-DNA cisplatyny obserwowano w nadnerczach płodu, mózgu, sercu, nerkach, wątrobie, skórze, śledzionie i grasicy. Gdy łożyska dwóch zwierząt podzielono na cztery koncentryczne regiony w coraz większych odległościach od pępowiny i oznaczono g-DNA, poziomy adduktów cisplatyny DNA były podobne we wszystkich czterech regionach.
Addukty mitochondrialne (mt)-DNA były wyższe niż addukty g-DNA w wątrobie matki i wątrobie, mózgu i nerkach płodu, co sugeruje, że mitochondria mogą stanowić szczególny cel dla genotoksyczności cisplatyny. Badanie wykazuje znaczną genotoksyczność płodu w g-DNA i mt-DNA małp patas narażonych na cisplatynę w macicy, co sugeruje, że podobnie eksponowane ludzkie płody mogą również doznawać uszkodzeń DNA wywołanych przez leki.

Wpływ  DNA – uszkadzanie enediyny C-1027 na wewnątrzkomórkowe SV40 i  genomowe  DNA w  komórkach BSC-1 nerki  zielonej  małpy

Badanie to opisuje selektywną zdolność C-1027 do indukowania ograniczonych uszkodzeń dwuniciowych w docelowym wirusowym DNA. Wpływ środowiska komórkowego na aktywność C-1027 zbadano przez oznaczenie zakresu, a także specyficzności uszkodzenia DNA wirusa małpiego 40 (SV40) w zakażonych litycznie komórkach BSC-1 ssaków oraz w oczyszczonych preparatach DNA SV40 . Uszkodzenie C-1027 wewnątrzkomórkowego DNA SV40 oszacowano ilościowo za pomocą topologicznej analizy konwersji postaci. Przy stężeniach C-1027 od 2 do 100 nM zaobserwowano stopniowy spadek wewnątrzkomórkowej superskręconej postaci I, któremu towarzyszył wzrost postaci III, przy 50% zmniejszeniu postaci I przy 50 nM. Uszkodzenie oczyszczonego DNA SV40 również było najbardziej wyraźne między 10 a 100 nM C-1027.
Monkey Rhesus Brain Genomic DNA
Monkey Rhesus Brain Genomic DNA
Gdy stężenia wyrażono jako wartości r (stosunek molowy lek/DNA), ilość C-1027 niezbędna do uzyskania 50% redukcji postaci I była niższa dla wewnątrzkomórkowego (r = 0,002) niż dla oczyszczonego DNA SV40 (r = 0,0035) . Uszkodzenie dwuniciowe było bardziej prawdopodobne przy traktowaniu C-1027 wewnątrzkomórkowego w porównaniu z oczyszczonym DNA SV40. Jednak zarówno w przypadku oczyszczonego, jak i wewnątrzkomórkowego DNA, analiza trawienia enzymami restrykcyjnymi wykazała uszkodzenia dwuniciowe w wielu określonych miejscach w całym genomie , szczególnie we wczesnym regionie genomu SV40 (np. w sekwencji kodującej duży antygen T) .
Nie zaobserwowano żadnych znaczących uszkodzeń ani w regionach początkowych (ORI) ani terminacji (TER) replikacji SV40. Zakres uszkodzenia C-1027 w DNA niezainfekowanych komórek BSC-1 był również określany ilościowo przy użyciu elektroforezy żelowej w polu pulsacyjnym. Przy 0,1 nM (r = 2,8 x 10(-5), gdzie włączanie [3H]tymidyny zostało zmniejszone o 80%, w niezainfekowanych komórkach BSC-1 wykryto 600 rad równoważnika uszkodzenia. Przy wartościach C-1027 r od 1 x 10(-4) do 40 x 10(-4), dwuniciowe pęknięcia były od 80 do 40-krotnie częstsze w genomowym DNA SV40 niż w komórce BSC-1. hamują akumulację wewnątrzkomórkowego DNA SV40 w porównaniu z inkorporacją [3H]tymidyny do niezainfekowanych komórek BSC-1 Tak więc synteza DNA SV40 wydaje się być mniej wrażliwa na zmiany indukowane przez C-1027 niż replikacja w niezainfekowanych komórkach BSC-1.

Organizacja genomowa  sekwencji o niskiej liczbie kopii, które są związane z deka-satelitarnym  DNA  w   genomie małpy

Wcześniej opisany segment DNA afrykańskiej małpy zielonej (sklonowany w fagu lambda MkA) zawiera dekasatelitę połączony z sekwencjami DNA, które, jak się szacuje, występują raz na genom. Sekwencje homologiczne do sekwencji o małej liczbie kopii w lambda MkA są również związane ze specyficznymi gatunkowo satelitarnymi DNA w genomach człowieka i myszy . Drugi klon, lambda Mk8, zawiera region DNA małpy, który jest współliniowy i homologiczny do części sekwencji o małej liczbie kopii w lambda MkA, ale nie zawiera sekwencji satelitarnych .
Dwa sklonowane segmenty znacznie się różnią, zaczynając od punktu znajdującego się w pobliżu satelitarnego regionu DNA w lambda MkA. Eksperymenty z blottingiem DNA wskazują, że lambda Mk8, ale nie lambda MkA, reprezentuje typową organizację genomową i że segmenty o niskiej liczbie kopii występują tylko raz na genom haploidalny. Dane sugerują, że rearanżacje, takie jak delecje lub inwersje zachodzące w komórkach małp, częściowo odpowiadają za strukturę lambda MkA. Dodatkowe rearanżacje mogły wystąpić podczas klonowania w E. coli. Ten unikalny region chromosomalny może być szczególnie podatny na rekombinację.

Częściowa struktura genu filoksyny z olbrzymiej  żaby małpiej  Phyllomedusa bicolor: równoległe klonowanie prekursorowego DNA c  i  genomowego  DNA  z liofilizowanej wydzieliny skórnej.

Phyloxin to nowy prototypowy peptyd przeciwdrobnoustrojowy ze skóry Phyllomedusa bicolor. W tym miejscu opisujemy równoległą identyfikację i sekwencjonowanie transkryptu prekursora filoksyny (mRNA) i częściowej struktury genu (genomowego DNA) z tej samej próbki liofilizowanej wydzieliny skóry przy użyciu naszej niedawno opisanej techniki klonowania.

Genomic DNA - Rhesus Monkey Male

D1534999-G01 Biochain 100 ug 225.6 EUR

Genomic DNA - Rhesus Monkey Female

D1534999-G02 Biochain 100 ug 225.6 EUR

Human Brain Genomic DNA  

X11001-1 EpiGentek 10 ul 77 EUR

Human Brain Genomic DNA  

X11001 EpiGentek
  • Ask for price
  • 77.00 EUR
  • 10 µg
  • 10 ul

Genomic DNA - Cynomolgus Monkey Male

D1534999-Cy-G01 Biochain 100 ug 225.6 EUR

Genomic DNA - Cynomolgus Monkey Female

D1534999-Cy-G02 Biochain 100 ug 225.6 EUR

Monkey (Rhesus) Methylated DNA Control

D6534149 Biochain 5 ug Ask for price

Genomic DNA from Mouse Normal Tissue: Brain

D1334035 Biochain 100 ug 338.4 EUR

Genomic DNA from Rat Normal Tissue: Brain

D1434035 Biochain 100 ug 338.4 EUR

cDNA from Monkey (Rhesus) Normal Tissue: Brain

C1534035 Biochain 40 reactions 451.2 EUR

Monkey (Rhesus) Normal Brain Whole tissue lysate

MRL-1272 Alpha Diagnostics 1 mg 628.8 EUR

Genomic DNA Kit

20-abx098076 Abbexa
  • 526.80 EUR
  • 292.80 EUR
  • 200 rxns
  • 50 rxns

Human Genomic DNA

BIO-35025 Bioline 500µl @ 200ng/µl Ask for price

Human Genomic DNA 

X11000-1 EpiGentek 0.2 ml 235.4 EUR

Human Genomic DNA 

X11000 EpiGentek
  • Ask for price
  • 235.40 EUR
  • 0.2 ml
  • 0.2 ml

Membrane Protein from Monkey (Rhesus) Normal Tissue: Brain

P3534035 Biochain 0.1 mg 342 EUR

Total RNA from Monkey (Rhesus) Normal Tissue: Brain

R1534035-50 Biochain 50 ug 232.8 EUR

Genomic DNA Isolation Kit

55R-1362 Fitzgerald 50 assays 462 EUR

Plant Genomic DNA Kit

20-abx098077 Abbexa
  • 493.20 EUR
  • 276.00 EUR
  • 200 rxns
  • 50 rxns

Bacteria Genomic DNA Kit

20-abx098080 Abbexa
  • 126.00 EUR
  • 292.80 EUR
  • 2 rxns
  • 50 rxns

Micro Genomic DNA Kit

20-abx098242 Abbexa
  • 126.00 EUR
  • 393.60 EUR
  • 2 rxns
  • 50 rxns

Blood Genomic DNA Kit

abx098868-50rxns Abbexa 50 rxns 326.4 EUR

Plant Genomic DNA Kit

abx294004-50preps Abbexa 50 preps 477.6 EUR

Animal Genomic DNA Kit

abx294005-100preps Abbexa 100 preps 627.6 EUR

Animal Genomic DNA Kit

abx294005-50preps Abbexa 50 preps 477.6 EUR

Genomic DNA - Human Male

D1234999-G01 Biochain 100 ug 225.6 EUR

Genomic DNA - Human Female

D1234999-G02 Biochain 100 ug 225.6 EUR

Genomic DNA - Mouse Male

D1334999-G01 Biochain 100 ug 225.6 EUR

Genomic DNA - Mouse Female

D1334999-G02 Biochain 100 ug 225.6 EUR

Genomic DNA - Rat Male

D1434999-G01 Biochain 100 ug 225.6 EUR

Genomic DNA - Rat Female

D1434999-G02 Biochain 100 ug 225.6 EUR

Genomic DNA - Dog Male

D1734999-G01 Biochain 100 ug 225.6 EUR

Genomic DNA - Dog Female

D1734999-G02 Biochain 100 ug 225.6 EUR

Genomic DNA - Rabbit Male

D1834999-G01 Biochain 100 ug 225.6 EUR

Genomic DNA - Rabbit Female

D1834999-G02 Biochain 100 ug 225.6 EUR

Genomic DNA - Porcine Male

D1934999-G01 Biochain 100 ug 225.6 EUR

Genomic DNA - Porcine Female

D1934999-G02 Biochain 100 ug 225.6 EUR

Genomic DNA - Bovine Male

D1B34999-G01 Biochain 100 ug 225.6 EUR

Genomic DNA - Bovine Female

D1B34999-G02 Biochain 100 ug 225.6 EUR

Genomic DNA - Chicken Male

D1C34999-G01 Biochain 100 ug 225.6 EUR

Genomic DNA - Chicken Female

D1C34999-G02 Biochain 100 ug 225.6 EUR

Genomic DNA - Hamster Male

D1H34999-G01 Biochain 100 ug 225.6 EUR

Genomic DNA - Hamster Female

D1H34999-G02 Biochain 100 ug 225.6 EUR

Genomic DNA - Horse Male

D1O34999-G01 Biochain 100 ug 225.6 EUR

Genomic DNA - Horse Female

D1O34999-G02 Biochain 100 ug 225.6 EUR

Genomic DNA Isolation Kit

K2118-50 ApexBio 50 assays 385.2 EUR

Soil Genomic DNA Kit

K1411-250 Biovision 673.2 EUR

Soil Genomic DNA Kit

K1411-50 Biovision 379.2 EUR

Insect Genomic DNA Kit

K1412-250 Biovision 673.2 EUR

Insect Genomic DNA Kit

K1412-50 Biovision 379.2 EUR

Mollusc Genomic DNA Kit

K1413-250 Biovision 673.2 EUR

Mollusc Genomic DNA Kit

K1413-50 Biovision 379.2 EUR

Yeast Genomic DNA Kit

K1414-250 Biovision 673.2 EUR

Yeast Genomic DNA Kit

K1414-50 Biovision 379.2 EUR

Fungal Genomic DNA Kit

K1415-250 Biovision 673.2 EUR

Fungal Genomic DNA Kit

K1415-50 Biovision 379.2 EUR

Genomic DNA Isolation Kit

K281-50 Biovision 326.4 EUR

Genomic DNA from Alzheimer's Disease: Brain, from a single donor

D1236035Alz Biochain 50 ug 535.2 EUR

Genomic DNA - Human Diabetic Tissue: Brain, from a single donor

D1236035Dia Biochain 50 ug 535.2 EUR

Genomic DNA from Parkinson's Disease: Brain, from a single donor

D1236035Par Biochain 50 ug 535.2 EUR

Genomic DNA from Dementia: Brain: Thalamus, from a single donor

D1236079Dem Biochain 50 ug 535.2 EUR

Genomic DNA from Depression: Brain: Thalamus, from a single donor

D1236079Dep Biochain 50 ug 535.2 EUR

Genomic DNA from Multiple Sclerosis Disease: Brain, from a single donor

D1236035Msc Biochain 50 ug 535.2 EUR

Genomic DNA from Alzheimer's Disease: Brain: Cerebellum, from a single donor

D1236039Alz Biochain 50 ug 535.2 EUR

Genomic DNA from Parkinson's Disease: Brain: Cerebellum, from a single donor

D1236039Par Biochain 50 ug 535.2 EUR

Genomic DNA from Dementia: Brain: Frontal Lobe, from a single donor

D1236051Dem Biochain 50 ug 535.2 EUR

Genomic DNA from Depression: Brain: Frontal Lobe, from a single donor

D1236051Dep Biochain 50 ug 535.2 EUR

Genomic DNA from Dementia: Brain: Occipital Lobe, from a single donor

D1236062Dem Biochain 50 ug 535.2 EUR

Genomic DNA from Depression: Brain: Occipital Lobe, from a single donor

D1236062Dep Biochain 50 ug 535.2 EUR

Genomic DNA from Dementia: Brain: Parietal Lobe, from a single donor

D1236066Dem Biochain 50 ug 535.2 EUR

Genomic DNA from Depression: Brain: Parietal Lobe, from a single donor

D1236066Dep Biochain 50 ug 535.2 EUR

Genomic DNA from Alzheimer's Disease: Brain: Pons, from a single donor

D1236071Alz Biochain 50 ug 535.2 EUR

Genomic DNA from Parkinson's Disease: Brain: Pons, from a single donor

D1236071Par Biochain 50 ug 535.2 EUR

Genomic DNA from Dementia: Brain: Temporal Lobe, from a single donor

D1236078Dem Biochain 50 ug 535.2 EUR

Genomic DNA from Depression: Brain: Temporal Lobe, from a single donor

D1236078Dep Biochain 50 ug 535.2 EUR

Genomic DNA from Alzheimer's Disease: Brain: Thalamus, from a single donor

D1236079Alz Biochain 50 ug 535.2 EUR

Genomic DNA from Parkinson's Disease: Brain: Thalamus, from a single donor

D1236079Par Biochain 50 ug 535.2 EUR

Plant Genomic DNA extraction buffer

20-abx098075 Abbexa
  • 343.20 EUR
  • 126.00 EUR
  • 100 ml
  • 1.2 ml

Marine Animal Genomic DNA Kit

20-abx098079 Abbexa
  • 126.00 EUR
  • 292.80 EUR
  • 2 rxns
  • 50 rxns

FFPE Tissue Genomic DNA Kit

abx098866-50rxns Abbexa 50 rxns 326.4 EUR

ISOLATE II Genomic DNA Kit

BIO-52065 Bioline 10 preps Ask for price

ISOLATE II Genomic DNA Kit

BIO-52066 Bioline 50 preps Ask for price

ISOLATE II Genomic DNA Kit

BIO-52067 Bioline 250 preps Ask for price

Genomic DNA - Guinea Pig Male

D1G34999-G01 Biochain 100 ug 225.6 EUR

Genomic DNA - Guinea Pig Female

D1G34999-G02 Biochain 100 ug 225.6 EUR

Genomic DNA Extraction and Purification

EP10012 Neuromics 100 Tests 606 EUR

AccuRT Genomic DNA Removal Kit

G488 ABM 200 Reactions 98.4 EUR

Genomic DNA Extraction KitAnimal Tissue

FYG102-100P Yeastern Biotech 100 Preps Ask for price

Genomic DNA Extraction KitAnimal Tissue

FYG102-300P Yeastern Biotech 300 Preps Ask for price

Genomic DNA Extraction KitAnimal Tissue

FYG102-50P Yeastern Biotech 50 Preps Ask for price

Genomic DNA Extraction Maxi KitPlant

FYG104-10P Yeastern Biotech 10 Preps Ask for price

Genomic DNA Extraction Maxi KitPlant

FYG104-25P Yeastern Biotech 25 Preps Ask for price

Bacterial Genomic DNA Isolation Kit

K309-100 Biovision 451.2 EUR

Zenoquick Genomic DNA Purification Kit

Z2003-200 GenDepot 200 preps 757.2 EUR

Zenoprep Genomic DNA Purification Kit

Z2004-400 GenDepot 400 preps 660 EUR

Sera-Xtracta Genomic DNA Kit

29429140 Scientific Laboratory Supplies EACH 380.76 EUR

Genomic DNA from Human Adult Normal Tissue: Brain, from a single donor

D1234035 Biochain 100 ug 338.4 EUR

Genomic DNA from Multiple Sclerosis Disease: Brain: Amygdala, from a single donor

D1236036Msc Biochain 50 ug 535.2 EUR

Genomic DNA from Multiple Sclerosis Disease: Brain: Cerebellum, from a single donor

D1236039Msc Biochain 50 ug 535.2 EUR

Genomic DNA from Progressive Supranuclear Palsy: Brain: Cerebellum, from a single donor

D1236039PSP Biochain 50 ug 619.2 EUR
  • Otwarta ramka odczytu prekursora filoksyny była identyczna pod względem sekwencji nukleotydowej z poprzednio opisaną, a dopasowanie do sekwencji nukleotydowej pochodzącej z genomowego DNA wskazywało na obecność intronu o wielkości 175 pz zlokalizowanego w niemal identycznej pozycji, jak w dermaseptynach.
  • Wysoce konserwatywna strukturalna organizacja genów peptydów wydzielniczych skóry u P. bicolor może zatem zostać rozszerzona o gen kodujący filoksynę (plx).
  • Dane te dodatkowo wzmacniają nasze twierdzenie, że zastosowanie opisanej metodologii może dostarczyć solidnych danych genomicznych/transkryptomicznych/peptydomicznych bez konieczności uśmiercania próbek.

Dodaj komentarz

Twój adres e-mail nie zostanie opublikowany. Wymagane pola są oznaczone *