• 10 czerwca, 2022

Sekwencjonowanie i analiza genomowego DNA i cDNA kodującego TNF-alfa u małpy wiewiórki (Saimiri sciureus)

Jeśli szereg cytokin i czynników wzrostu, które zostały scharakteryzowane z komórek ludzkich, zbadano na naczelnych innych niż ludzie, wyniki takich podejść umożliwiłyby opracowanie testów do wykrywania i ilościowego oznaczania cytokin w modelach eksperymentalnych. Czynnik martwicy nowotworu-alfa (TNF-alfa) jest ważną pluripotencjalną cytokiną, która odgrywa kluczową rolę w obronie gospodarza. Jak dotąd nie doniesiono o pełnych danych molekularnych dla TNF-alfa małpy wiewiórki. Startery do łańcuchowej reakcji polimerazy (PCR) zastosowano do śledzenia intronów, porównując rozmiary produktów otrzymanych przy użyciu cDNA i genomowego DNA jako matryc.
Genomowy DNA składa się z czterech eksonów i trzech intronów z 1793 nukleotydami. Odpowiadający mu cDNA składa się z 702 nukleotydów, a analiza filogenetyczna wykazała, że ​​Saimiri sciureus był najbliżej spokrewniony z rodzajem Aotus, naczelnym nowego świata, w porównaniu z naczelnymi ze starego świata (rodzaj Macaca i Papio). Wydedukowane białko TNF-alfa składa się z 233 aminokwasów, które są w 82% identyczne z człowiekiem, 95% z małpami z nowego świata i 79% z małpami ze starego świata. Sklonowany cDNA TNF-alfa będzie przydatny do ilościowego oznaczania TNF-alfa na poziomie mRNA.

Przezłożyskowa ekspozycja na cisplatynę wywołuje trwałe uszkodzenia mitochondrialnego i  genomowego  DNA płodu u małp  patas  .

W poprzedniej próbie modelowania przezłożyskowej ekspozycji na cisplatynę i genotoksyczności wykorzystano kilka ciężarnych małp Erythrocebus patas; większość zwierząt była eksponowana pod koniec ciąży, a analizy adduktów cisplatyny-DNA obejmowały tylko genomowy DNA. Tutaj określono tworzenie adduktów genomowego i mitochondrialnego DNA u płodów dwóch ciężarnych małp wystawionych na działanie pod koniec drugiego trymestru ciąży. Mnogie tkanki płodowe uzyskano po podaniu dawek 0,315 mg cisplatyny/kg masy ciała (łącznie 5,3 mg/m2) w 101. i 106. dniu ciąży.
Cięcia cesarskie wykonano 24 godziny po ekspozycji i 27 dni po ekspozycji. Addukty genomowego (g)-DNA cisplatyny obserwowano w nadnerczach płodu, mózgu, sercu, nerkach, wątrobie, skórze, śledzionie i grasicy. Gdy łożyska dwóch zwierząt podzielono na cztery koncentryczne regiony w coraz większych odległościach od pępowiny i oznaczono g-DNA, poziomy adduktów cisplatyny DNA były podobne we wszystkich czterech regionach.
Addukty mitochondrialne (mt)-DNA były wyższe niż addukty g-DNA w wątrobie matki i wątrobie, mózgu i nerkach płodu, co sugeruje, że mitochondria mogą stanowić szczególny cel dla genotoksyczności cisplatyny. Badanie wykazuje znaczną genotoksyczność płodu w g-DNA i mt-DNA małp patas narażonych na cisplatynę w macicy, co sugeruje, że podobnie eksponowane ludzkie płody mogą również doznawać uszkodzeń DNA wywołanych przez leki.

Wpływ  DNA – uszkadzanie enediyny C-1027 na wewnątrzkomórkowe SV40 i  genomowe  DNA w  komórkach BSC-1 nerki  zielonej  małpy

Badanie to opisuje selektywną zdolność C-1027 do indukowania ograniczonych uszkodzeń dwuniciowych w docelowym wirusowym DNA. Wpływ środowiska komórkowego na aktywność C-1027 zbadano przez oznaczenie zakresu, a także specyficzności uszkodzenia DNA wirusa małpiego 40 (SV40) w zakażonych litycznie komórkach BSC-1 ssaków oraz w oczyszczonych preparatach DNA SV40 . Uszkodzenie C-1027 wewnątrzkomórkowego DNA SV40 oszacowano ilościowo za pomocą topologicznej analizy konwersji postaci. Przy stężeniach C-1027 od 2 do 100 nM zaobserwowano stopniowy spadek wewnątrzkomórkowej superskręconej postaci I, któremu towarzyszył wzrost postaci III, przy 50% zmniejszeniu postaci I przy 50 nM. Uszkodzenie oczyszczonego DNA SV40 również było najbardziej wyraźne między 10 a 100 nM C-1027.
Monkey Rhesus Brain Genomic DNA
Monkey Rhesus Brain Genomic DNA
Gdy stężenia wyrażono jako wartości r (stosunek molowy lek/DNA), ilość C-1027 niezbędna do uzyskania 50% redukcji postaci I była niższa dla wewnątrzkomórkowego (r = 0,002) niż dla oczyszczonego DNA SV40 (r = 0,0035) . Uszkodzenie dwuniciowe było bardziej prawdopodobne przy traktowaniu C-1027 wewnątrzkomórkowego w porównaniu z oczyszczonym DNA SV40. Jednak zarówno w przypadku oczyszczonego, jak i wewnątrzkomórkowego DNA, analiza trawienia enzymami restrykcyjnymi wykazała uszkodzenia dwuniciowe w wielu określonych miejscach w całym genomie , szczególnie we wczesnym regionie genomu SV40 (np. w sekwencji kodującej duży antygen T) .
Nie zaobserwowano żadnych znaczących uszkodzeń ani w regionach początkowych (ORI) ani terminacji (TER) replikacji SV40. Zakres uszkodzenia C-1027 w DNA niezainfekowanych komórek BSC-1 był również określany ilościowo przy użyciu elektroforezy żelowej w polu pulsacyjnym. Przy 0,1 nM (r = 2,8 x 10(-5), gdzie włączanie [3H]tymidyny zostało zmniejszone o 80%, w niezainfekowanych komórkach BSC-1 wykryto 600 rad równoważnika uszkodzenia. Przy wartościach C-1027 r od 1 x 10(-4) do 40 x 10(-4), dwuniciowe pęknięcia były od 80 do 40-krotnie częstsze w genomowym DNA SV40 niż w komórce BSC-1. hamują akumulację wewnątrzkomórkowego DNA SV40 w porównaniu z inkorporacją [3H]tymidyny do niezainfekowanych komórek BSC-1 Tak więc synteza DNA SV40 wydaje się być mniej wrażliwa na zmiany indukowane przez C-1027 niż replikacja w niezainfekowanych komórkach BSC-1.

Organizacja genomowa  sekwencji o niskiej liczbie kopii, które są związane z deka-satelitarnym  DNA  w   genomie małpy

Wcześniej opisany segment DNA afrykańskiej małpy zielonej (sklonowany w fagu lambda MkA) zawiera dekasatelitę połączony z sekwencjami DNA, które, jak się szacuje, występują raz na genom. Sekwencje homologiczne do sekwencji o małej liczbie kopii w lambda MkA są również związane ze specyficznymi gatunkowo satelitarnymi DNA w genomach człowieka i myszy . Drugi klon, lambda Mk8, zawiera region DNA małpy, który jest współliniowy i homologiczny do części sekwencji o małej liczbie kopii w lambda MkA, ale nie zawiera sekwencji satelitarnych .
Dwa sklonowane segmenty znacznie się różnią, zaczynając od punktu znajdującego się w pobliżu satelitarnego regionu DNA w lambda MkA. Eksperymenty z blottingiem DNA wskazują, że lambda Mk8, ale nie lambda MkA, reprezentuje typową organizację genomową i że segmenty o niskiej liczbie kopii występują tylko raz na genom haploidalny. Dane sugerują, że rearanżacje, takie jak delecje lub inwersje zachodzące w komórkach małp, częściowo odpowiadają za strukturę lambda MkA. Dodatkowe rearanżacje mogły wystąpić podczas klonowania w E. coli. Ten unikalny region chromosomalny może być szczególnie podatny na rekombinację.

Częściowa struktura genu filoksyny z olbrzymiej  żaby małpiej  Phyllomedusa bicolor: równoległe klonowanie prekursorowego DNA c  i  genomowego  DNA  z liofilizowanej wydzieliny skórnej.

Phyloxin to nowy prototypowy peptyd przeciwdrobnoustrojowy ze skóry Phyllomedusa bicolor. W tym miejscu opisujemy równoległą identyfikację i sekwencjonowanie transkryptu prekursora filoksyny (mRNA) i częściowej struktury genu (genomowego DNA) z tej samej próbki liofilizowanej wydzieliny skóry przy użyciu naszej niedawno opisanej techniki klonowania.

Genomic DNA - Rhesus Monkey Male

D1534999-G01 Biochain 100 ug 188 EUR

Genomic DNA - Rhesus Monkey Female

D1534999-G02 Biochain 100 ug 188 EUR

Human Brain Genomic DNA

X11001 EpiGentek 10 µg Ask for price

Genomic DNA - Cynomolgus Monkey Male

D1534999-Cy-G01 Biochain 100 ug 188 EUR

Genomic DNA - Cynomolgus Monkey Female

D1534999-Cy-G02 Biochain 100 ug 188 EUR

Monkey (Rhesus) Methylated DNA Control

D6534149 Biochain 5 ug Ask for price

Genomic DNA from Mouse Normal Tissue: Brain

D1334035 Biochain 100 ug 282 EUR

Genomic DNA from Rat Normal Tissue: Brain

D1434035 Biochain 100 ug 282 EUR

Monkey (Rhesus) Normal Brain Whole tissue lysate

MRL-1272 Alpha Diagnostics 1 mg 524 EUR

cDNA from Monkey (Rhesus) Normal Tissue: Brain

C1534035 Biochain 40 reactions 376 EUR

Human Genomic DNA

BIO-35025 Bioline 500µl @ 200ng/µl Ask for price

Human Genomic DNA

X11000 EpiGentek 0.2 ml Ask for price

Genomic DNA Kit

20-abx098076 Abbexa
  • 439.00 EUR
  • 244.00 EUR
  • 200 rxns
  • 50 rxns

Membrane Protein from Monkey (Rhesus) Normal Tissue: Brain

P3534035 Biochain 0.1 mg 285 EUR

Total RNA from Monkey (Rhesus) Normal Tissue: Brain

R1534035-50 Biochain 50 ug 194 EUR

Genomic DNA from Alzheimer's Disease: Brain, from a single donor

D1236035Alz Biochain 50 ug 446 EUR

Genomic DNA - Human Diabetic Tissue: Brain, from a single donor

D1236035Dia Biochain 50 ug 446 EUR

Genomic DNA from Parkinson's Disease: Brain, from a single donor

D1236035Par Biochain 50 ug 446 EUR

Genomic DNA from Dementia: Brain: Thalamus, from a single donor

D1236079Dem Biochain 50 ug 446 EUR

Genomic DNA from Depression: Brain: Thalamus, from a single donor

D1236079Dep Biochain 50 ug 446 EUR

Plant Genomic DNA Kit

20-abx098077 Abbexa
  • 411.00 EUR
  • 230.00 EUR
  • 200 rxns
  • 50 rxns

Bacteria Genomic DNA Kit

20-abx098080 Abbexa
  • 105.00 EUR
  • 244.00 EUR
  • 2 rxns
  • 50 rxns

Micro Genomic DNA Kit

20-abx098242 Abbexa
  • 105.00 EUR
  • 328.00 EUR
  • 2 rxns
  • 50 rxns

Blood Genomic DNA Kit

abx098868-50rxns Abbexa 50 rxns 272 EUR

Plant Genomic DNA Kit

abx294004-50preps Abbexa 50 preps 398 EUR

Animal Genomic DNA Kit

abx294005-100preps Abbexa 100 preps 523 EUR

Animal Genomic DNA Kit

abx294005-50preps Abbexa 50 preps 398 EUR

Genomic DNA Isolation Kit

K2118-50 ApexBio 50 assays 321 EUR

Genomic DNA Isolation Kit

55R-1362 Fitzgerald 50 assays 385 EUR

Genomic DNA - Human Male

D1234999-G01 Biochain 100 ug 188 EUR

Genomic DNA - Human Female

D1234999-G02 Biochain 100 ug 188 EUR

Genomic DNA - Mouse Male

D1334999-G01 Biochain 100 ug 188 EUR

Genomic DNA - Mouse Female

D1334999-G02 Biochain 100 ug 188 EUR

Genomic DNA - Rat Male

D1434999-G01 Biochain 100 ug 188 EUR

Genomic DNA - Rat Female

D1434999-G02 Biochain 100 ug 188 EUR

Genomic DNA - Dog Male

D1734999-G01 Biochain 100 ug 188 EUR

Genomic DNA - Dog Female

D1734999-G02 Biochain 100 ug 188 EUR

Genomic DNA - Rabbit Male

D1834999-G01 Biochain 100 ug 188 EUR

Genomic DNA - Rabbit Female

D1834999-G02 Biochain 100 ug 188 EUR

Genomic DNA - Porcine Male

D1934999-G01 Biochain 100 ug 188 EUR

Genomic DNA - Porcine Female

D1934999-G02 Biochain 100 ug 188 EUR

Genomic DNA - Bovine Male

D1B34999-G01 Biochain 100 ug 188 EUR

Genomic DNA - Bovine Female

D1B34999-G02 Biochain 100 ug 188 EUR

Genomic DNA - Chicken Male

D1C34999-G01 Biochain 100 ug 188 EUR

Genomic DNA - Chicken Female

D1C34999-G02 Biochain 100 ug 188 EUR

Genomic DNA - Hamster Male

D1H34999-G01 Biochain 100 ug 188 EUR

Genomic DNA - Hamster Female

D1H34999-G02 Biochain 100 ug 188 EUR

Genomic DNA - Horse Male

D1O34999-G01 Biochain 100 ug 188 EUR

Genomic DNA - Horse Female

D1O34999-G02 Biochain 100 ug 188 EUR

Genomic DNA Extraction Kit

K5016005 Biochain 1 kit 329 EUR

Soil Genomic DNA Kit

K1411-250 Biovision 561 EUR

Soil Genomic DNA Kit

K1411-50 Biovision 316 EUR

Insect Genomic DNA Kit

K1412-250 Biovision 561 EUR

Insect Genomic DNA Kit

K1412-50 Biovision 316 EUR

Mollusc Genomic DNA Kit

K1413-250 Biovision 561 EUR

Mollusc Genomic DNA Kit

K1413-50 Biovision 316 EUR

Yeast Genomic DNA Kit

K1414-250 Biovision 561 EUR

Yeast Genomic DNA Kit

K1414-50 Biovision 316 EUR

Fungal Genomic DNA Kit

K1415-250 Biovision 561 EUR

Fungal Genomic DNA Kit

K1415-50 Biovision 316 EUR

Genomic DNA Isolation Kit

K281-50 Biovision 272 EUR

Genomic DNA from Multiple Sclerosis Disease: Brain, from a single donor

D1236035Msc Biochain 50 ug 446 EUR

Genomic DNA from Alzheimer's Disease: Brain: Cerebellum, from a single donor

D1236039Alz Biochain 50 ug 446 EUR

Genomic DNA from Parkinson's Disease: Brain: Cerebellum, from a single donor

D1236039Par Biochain 50 ug 446 EUR

Genomic DNA from Dementia: Brain: Frontal Lobe, from a single donor

D1236051Dem Biochain 50 ug 446 EUR

Genomic DNA from Depression: Brain: Frontal Lobe, from a single donor

D1236051Dep Biochain 50 ug 446 EUR

Genomic DNA from Dementia: Brain: Occipital Lobe, from a single donor

D1236062Dem Biochain 50 ug 446 EUR

Genomic DNA from Depression: Brain: Occipital Lobe, from a single donor

D1236062Dep Biochain 50 ug 446 EUR

Genomic DNA from Dementia: Brain: Parietal Lobe, from a single donor

D1236066Dem Biochain 50 ug 446 EUR

Genomic DNA from Depression: Brain: Parietal Lobe, from a single donor

D1236066Dep Biochain 50 ug 446 EUR

Genomic DNA from Alzheimer's Disease: Brain: Pons, from a single donor

D1236071Alz Biochain 50 ug 446 EUR

Genomic DNA from Parkinson's Disease: Brain: Pons, from a single donor

D1236071Par Biochain 50 ug 446 EUR

Genomic DNA from Dementia: Brain: Temporal Lobe, from a single donor

D1236078Dem Biochain 50 ug 446 EUR

Genomic DNA from Depression: Brain: Temporal Lobe, from a single donor

D1236078Dep Biochain 50 ug 446 EUR

Genomic DNA from Alzheimer's Disease: Brain: Thalamus, from a single donor

D1236079Alz Biochain 50 ug 446 EUR

Genomic DNA from Parkinson's Disease: Brain: Thalamus, from a single donor

D1236079Par Biochain 50 ug 446 EUR

Genomic DNA Extraction and Purification

EP10012 Neuromics 100 Tests 505 EUR

Genomic DNA Extraction KitAnimal Tissue

FYG102-100P Yeastern Biotech 100 Preps Ask for price

Genomic DNA Extraction KitAnimal Tissue

FYG102-300P Yeastern Biotech 300 Preps Ask for price

Genomic DNA Extraction KitAnimal Tissue

FYG102-50P Yeastern Biotech 50 Preps Ask for price

Genomic DNA Extraction Maxi KitPlant

FYG104-10P Yeastern Biotech 10 Preps Ask for price

Genomic DNA Extraction Maxi KitPlant

FYG104-25P Yeastern Biotech 25 Preps Ask for price

ISOLATE II Genomic DNA Kit

BIO-52065 Bioline 10 preps Ask for price

ISOLATE II Genomic DNA Kit

BIO-52066 Bioline 50 preps Ask for price

ISOLATE II Genomic DNA Kit

BIO-52067 Bioline 250 preps Ask for price

Plant Genomic DNA extraction buffer

20-abx098075 Abbexa
  • 286.00 EUR
  • 105.00 EUR
  • 100 ml
  • 1.2 ml

Marine Animal Genomic DNA Kit

20-abx098079 Abbexa
  • 105.00 EUR
  • 244.00 EUR
  • 2 rxns
  • 50 rxns

FFPE Tissue Genomic DNA Kit

abx098866-50rxns Abbexa 50 rxns 272 EUR

Zenoquick Genomic DNA Purification Kit

Z2003-200 GenDepot 200 preps 631 EUR

Zenoprep Genomic DNA Purification Kit

Z2004-400 GenDepot 400 preps 550 EUR

AccuRT Genomic DNA Removal Kit

G488 ABM 200 Reactions 82 EUR

Genomic DNA - Guinea Pig Male

D1G34999-G01 Biochain 100 ug 188 EUR

Genomic DNA - Guinea Pig Female

D1G34999-G02 Biochain 100 ug 188 EUR

Bacterial Genomic DNA Isolation Kit

K309-100 Biovision 376 EUR

100 BP DNA LADDER, 500UL PER KIT

M-DNA-100BP CORNING 1/pk 73 EUR

1 KB DNA LADDER, 500UL PER KIT

M-DNA-1KB CORNING 1/pk 70 EUR

Genomic DNA from Human Adult Normal Tissue: Brain, from a single donor

D1234035 Biochain 100 ug 282 EUR

Genomic DNA from Multiple Sclerosis Disease: Brain: Amygdala, from a single donor

D1236036Msc Biochain 50 ug 446 EUR

Genomic DNA from Multiple Sclerosis Disease: Brain: Cerebellum, from a single donor

D1236039Msc Biochain 50 ug 446 EUR

Genomic DNA from Progressive Supranuclear Palsy: Brain: Cerebellum, from a single donor

D1236039PSP Biochain 50 ug 516 EUR
  • Otwarta ramka odczytu prekursora filoksyny była identyczna pod względem sekwencji nukleotydowej z poprzednio opisaną, a dopasowanie do sekwencji nukleotydowej pochodzącej z genomowego DNA wskazywało na obecność intronu o wielkości 175 pz zlokalizowanego w niemal identycznej pozycji, jak w dermaseptynach.
  • Wysoce konserwatywna strukturalna organizacja genów peptydów wydzielniczych skóry u P. bicolor może zatem zostać rozszerzona o gen kodujący filoksynę (plx).
  • Dane te dodatkowo wzmacniają nasze twierdzenie, że zastosowanie opisanej metodologii może dostarczyć solidnych danych genomicznych/transkryptomicznych/peptydomicznych bez konieczności uśmiercania próbek.

Dodaj komentarz

Twój adres e-mail nie zostanie opublikowany.