Bezpośrednie wykrywanie koronawirusa kotów za pomocą trzech szybkich testów immunochromatograficznych z antygenem i za pomocą Real-Time PCR w schroniskach dla kotów

Celem tego badania było bezpośrednie wykrycie koronawirusa kotów metodą PCR w czasie rzeczywistym oraz trzema różnymi szybkimi testami immunochromatograficznymi (RIM) wykrywającymi antygeny w próbkach kału kotów ze schronisk. Na podstawie czułości i swoistości obliczonych dla każdego z testów RIM porównano użyteczność testów RIM. Zbadano siedemdziesiąt próbek kału pochodzących od kotów ze schroniska poddanych kwarantannie. Spośród 70 próbek analizowanych metodą PCR w czasie rzeczywistym 44 (62,9%) było pozytywnych.

Znacząco więcej kotów ( p < 0,05) uzyskało wynik pozytywny niż negatywny. Ani wiek, ani płeć kotów nie odgrywały istotnej roli ( p > 0,05) w stanie wydalania wirusa. Stwierdzono, że czułość testów RIM jest niska (<35%; testy RIM A i C) do poziomu zadowalającego (>50%, test RIM B). Liczba cząstek wirusa określona na podstawie analizy RT-PCR w czasie rzeczywistym nie korelowała istotnie z wynikami wykrytymi w żadnym z testów RIM ( p > 0,05). Wyniki tego badania wskazują, że zastosowanie szybkich testów antygenowych RIM w rutynowych badaniach przesiewowych statusu wydalania FCoV u kotów ze schroniska jest ograniczone ze względu na występowanie dużej liczby wyników fałszywie ujemnych.

Wpływ inaktywacji termicznej na wykrycie ciężkiego ostrego zespołu oddechowego – koronawirusa-2 (SARS-CoV-2) z odwrotną transkrypcją reakcji łańcuchowej polimerazy w czasie rzeczywistym (rRT- PCR ): dowody z badania w Etiopii

Choroba koronawirusa 2019 (COVID-19) ma duże znaczenie dla zdrowia publicznego i z jej próbką należy obchodzić się bezpiecznie ze względu na obawy dotyczące potencjalnego przenoszenia na pracowników służby zdrowia. Inaktywacja termiczna próbki przed izolacją kwasu nukleinowego może umożliwić bezpieczne procesy testowe. Dlatego ważne jest, aby ocenić wpływ inaktywacji cieplnej na wykrywanie SARS-CoV-2 RT-PCR w warunkach ograniczonych zasobów.

Badanie eksperymentalne przeprowadzono w Ethiopian Public Health Institute (EPHI) od 25 września do 15 października 2020 r. Łącznie pobrano 188 wymazów z jamy ustnej i gardła z przypadków podejrzanych o COVID-19, skierowanych do EPHI w celu wykonania testu SARS COV-2. Jedna partia próbki była inaktywowana w temperaturze 56°C przez 30 min, a druga partia była przechowywana w 4°C przez podobny okres czasu. Ekstrakcję i detekcję RNA przeprowadzono za pomocą protokołów zestawu DAAN Gene . Do amplifikacji i detekcji zastosowano Abbott m2000 RT-PCR. Analizę danych przeprowadzono przy użyciu SPSS w wersji 23.0; Do analizy jakościowej i półilościowej zastosowano test korelacji chi-kwadrat i Pearsona. Za istotną statystycznie uznano wartość p < 0,05.

Spośród wszystkich 188 próbek 119 (63,3%) było pozytywnych, a 69 (36,7%) negatywnych w grupie nieinaktywowanej. Natomiast 115 (61,2%) próbek było pozytywnych, a 73 (38,8) negatywnych w partii próbek inaktywowanych termicznie. Wskaźnik dodatniości między grupami nie wykazywał statystycznie istotnej różnicy (p > 0,05). Średnia różnica wartości progu cyklu (Ct) pomiędzy dwiema grupami genu ORF1a/b i genu N wyniosła 0,042 (95% CI – 0,247-0,331; t = 0,28; p = 0,774) i 0,38 (95% CI 0,097-0,682; t = 2,638; p = 0,010).

Inaktywacja termiczna w 56°C przez 30 min nie wpłynęła na jakościową detekcję rRT-PCR SARS-CoV-2. Jednak odkrycie wykazało, że wystąpił statystycznie istotny wzrost wartości Ct po inaktywacji termicznej w porównaniu z próbkami niepoddanymi obróbce. Dlatego też fałszywie ujemne wyniki dla próbek o wysokiej wartości Ct (Ct > 35) okazały się wyzwaniem dla tego protokołu. Dlatego należy zbadać alternatywne metody inaktywacji i rozważyć dalsze badania.

DirectDetect SARS-CoV-2 Bezpośrednie badanie RT – PCR w czasie rzeczywistym z wykorzystaniem próbek pacjentów

COVID-19 to choroba zakaźna, która spowodowała globalną pandemię dotykającą ludzi na całym świecie. Ponieważ wykrywanie chorób i wprowadzanie szczepionek postępują, nadal istnieje zapotrzebowanie na skuteczne narzędzia diagnostyczne, aby zaspokoić potrzeby w zakresie ciągłych testów. W tym wstępnym badaniu oceniono nowy test diagnostyczny SARS-CoV-2 o nazwie DirectDetect SARS-CoV-2 Bezpośrednia reakcja łańcuchowa polimerazy z odwrotną transkryptazą w czasie rzeczywistym (RT-PCR) w oparciu o ograniczoną wielkość próbki 24 próbek oddechowych z 14 SARS-CoV- Pacjenci 2-pozytywni. Test jest korzystniejszy w porównaniu z innymi testami dostępnymi na rynku, ponieważ nie wymaga pożywki transportowej wirusa ani ekstrakcji wirusowego RNA przed amplifikacją i detekcją kwasu nukleinowego.

Ta zdolność przekształca wielogodzinny czas przygotowania próbki w procedurę trwającą kilka minut, jednocześnie eliminując potrzebę stosowania wielu kosztownych odczynników, które mogą być trudne do uzyskania podczas gwałtownego wzrostu liczby testów opartych na kwasach nukleinowych podczas pandemii.
Wyniki wskazują na pozytywną zgodność 94,7, 100 i 94,7% między suchymi wymazami z próbkami, próbkami poddanymi działaniu i próbkami niepoddanymi działaniu testowanymi przy użyciu DirectDetect SARS-CoV-2 Direct Real-time RT-PCR w porównaniu z testami stosowanymi w laboratorium klinicznym, odpowiednio.
Odkrycia wskazują, że DirectDetect może być używany do wielu różnych typów próbek przy jednoczesnym zmniejszeniu liczby odczynników i czasu potrzebnego do diagnozy.
Chociaż badanie to pokazuje obiecujące wyniki przy użyciu wyników DirectDetect, dalsza walidacja tego testu przy użyciu większego zestawu próbek jest wymagana do oceny rzeczywistej wydajności tego testu.

Wykrywanie genów mecA i 16S rRNA przy użyciu Real – Time PCR może być przydatne w diagnozowaniu ropnia biodrowo-lędźwiowego, szczególnie w przypadkach z ujemnym wynikiem hodowli: RT- PCR dla ropnia biodrowo -lędźwiowego

Szybkie wykrycie czynników etiologicznych jest ważne dla skutecznego leczenia ropnia biodrowo-lędźwiowego (IPA). Celem tego badania było zbadanie przydatności klinicznej reakcji łańcuchowej polimerazy w czasie rzeczywistym (PCR), która jest skierowana na gen mecA dla gronkowców opornych na metycylinę (MRS) oraz gen 16S rRNA dla pan-bakterii. Nasze retrospektywne badanie diagnostyczne obejmowało 22 pacjentów wykazujących IPA i czterech pacjentów z niezakaźnymi obszarami guza biodrowo-lędźwiowego, u których wykonano tomografię komputerową lub biopsję pod kontrolą USG i/lub leczenie chirurgiczne.

Do rozpoznania IPA wykorzystano objawy kliniczne, dane z surowicy, analizę obrazową i hodowlę mikrobiologiczną tkanek. Dokładność diagnostyczną PCR w czasie rzeczywistym określono na podstawie diagnozy wyników IPA i hodowli mikrobiologicznej. Posiew mikrobiologiczny był pozytywny dla 12 przypadków IPA, w tym 2 infekcji MRSA. Spośród 12 przypadków IPA dodatnich w hodowli, 16S rRNA-PCR było dodatnie w 12, a MRS-PCR w dwóch. Spośród 10 przypadków IPA z ujemnym wynikiem posiewu, w tym 3 przypadków gruźlicy, 16S rRNA-PCR było dodatnie u 8, a MRS-PCR u 2. U pacjentów z nieinfekcyjną masą biodrowo-lędźwiową ani 16S rRNA, ani MRS-PCR nie wykryły bakteryjnego DNA.

Czułość, swoistość, dodatnie i ujemne wartości predykcyjne 16S rRNA-PCR w diagnostyce IPA wynosiły odpowiednio 0,91, 1,00, 1,00 i 0,67, podczas gdy te dla diagnozy zakażenia MRS za pomocą MRS-PCR wynosiły 1,00, 0,92, 1,00 , i 0,50, odpowiednio. Metoda real-time PCR ukierunkowana na bakteryjne DNA może wykryć bakteryjne DNA w przypadkach z ujemnym wynikiem hodowli i zapewnić lepszą wykrywalność infekcji MRS u pacjentów z IPA.

Adhesive PCR Film
AB-0558	Scientific Laboratory Supplies	PK100	201.6 EUR
Adhesive film AeraSealTM sterile
DD760215	Scientific Laboratory Supplies	PK50	132 EUR
Storage Film Self Adhesive
E0030127870	Scientific Laboratory Supplies	PK100	158.4 EUR
Adhesive film sterile SealPlate 50 um
DD760201	Scientific Laboratory Supplies	PK100	145.2 EUR
Adhesive film pre-cut for microplates
DD20100	Scientific Laboratory Supplies	PK100	64.8 EUR
Axygen Polyester ultra clear sealing film for real time PCR
AXY2152	Scientific Laboratory Supplies	PK100	382.8 EUR
Sealing film, qPCR Optical (sticky adhesive film) Bio-Rad Type, 100/pk
P1001-Q	MTC Bio	100/pack	147.48 EUR
Adhesive PCR Plate Clear Films for PCR Applications
GP502	GenDepot	100 sheets	306 EUR
Sealing Film For Plates PP/PE With Adhesive
701370	Scientific Laboratory Supplies	PK50	273.6 EUR
Adhesive PCR Foil
AB-0626	Scientific Laboratory Supplies	PK100	214.8 EUR
Adhesive PCR Plate Seals
PCR0516	Scientific Laboratory Supplies	PK100	189.6 EUR
Filmstrips polyester self adhesive for PCR qPCR and storage
MOL2262	Scientific Laboratory Supplies	PK50	110.4 EUR
Adhesive PCR Plate Seals 12
PCR0518	Scientific Laboratory Supplies	PK100	187.2 EUR
Human Cell Adhesion Primer Library
HCAD-I	Real Time Primers	1 set	774 EUR
Adhesive PCR Foil Seals Sheets
PCR0562	Scientific Laboratory Supplies	PK100	156 EUR
Sealing film, qPCR Optical (pressure-sensitive adhesive) ABI Type, 100/pk
P1001-QPS	MTC Bio	100/pack	192.84 EUR
Human Focal Adhesion Signaling Primer Library
HFCA-I	Real Time Primers	1 set	657.6 EUR
Adhesive PCR Plate Seals With 8
PCR0526	Scientific Laboratory Supplies	PK100	187.2 EUR
Monkeypox Virus Real Time PCR Kit
PDPS-AR064	Creative Biogene	1 unit	Ask for price
Monkeypox Virus Real Time PCR Kit
ZD-0076-01	Gentaur Genprice	25 tests/kit	Ask for price
Monkeypox Virus Real Time PCR Kit
ZD-0076-02	Gentaur Genprice	25 tests/kit	Ask for price
Monkeypox Virus Real Time PCR Kit
YJC70115NW-25T	Jiangsu Bioperfectus Technologies	25 tests/kit	Ask for price
Set of 16 rolls of adhesive coloured tape Time Tape width 19 mm x 12.7m
DD140261	Scientific Laboratory Supplies	EACH	316.8 EUR
Adhesive PCR Plate Foil Seals for PCR and General Use
GP503	GenDepot	100 sheets	303.6 EUR
0.2ML CLEAR STRIP CAPS FOR REAL TIME PCR
PCR-2CP-RT-C	CORNING	125/pk	267.6 EUR
Human Lung Cancer PCR Primer Library
HLUCPL-I	Real Time Primers	1 set	657.6 EUR
Human Schwann Cell PCR Primer Library
HSCH-I	Real Time Primers	1 set	657.6 EUR
Foilstrips Aluminum self adhesive for PCR and storage
MOL2260	Scientific Laboratory Supplies	PK50	82.8 EUR
Ultra Clear Adhesive PCR Plate Seals, Optically Clear Sheets
GP506	GenDepot	50 sheets	273.6 EUR
Adhesive mat blue
SHA1174	Scientific Laboratory Supplies	EACH	261.6 EUR
Paper Roll Adhesive
BAL4001	Scientific Laboratory Supplies	PK3	33.6 EUR
Adhesive Plate Seal
AB-0580	Scientific Laboratory Supplies	PK100	76.8 EUR
Adhesive Araldite Rapid
ADH1000	Scientific Laboratory Supplies	EACH	29.25 EUR
Adhesive Seal Applicator
AB-1391	Scientific Laboratory Supplies	EACH	12 EUR
Mouse Adherin - Tight Junction Primer Library
MATJ-I	Real Time Primers	1 set	657.6 EUR
Human Adherin - Tight Junction Primer Library
HATJ-I	Real Time Primers	1 set	657.6 EUR
Eztime Real - time PCRPremix 2x,Taqman
FYT105-100P	Yeastern Biotech	100 Preps 1.25 ml	Ask for price
Roller For Adhesive Seals
PCR0538	Scientific Laboratory Supplies	EACH	82.8 EUR
Gas Permeable Adhesive Seal
AB-0718	Scientific Laboratory Supplies	PK50	169.2 EUR
ABsolute QPCR Adhesive Seal
AB-1170	Scientific Laboratory Supplies	PK50	286.8 EUR
Labels 21x38mm Self Adhesive
LAB1018	Scientific Laboratory Supplies	PK1625	32.77 EUR
Labels 25x50mm Self Adhesive
LAB1020	Scientific Laboratory Supplies	PK400	26.16 EUR
General Adhesive Plate Seals
PCR0540	Scientific Laboratory Supplies	PK100	129.6 EUR
Eco 48 Real Time PCR system including software and loading dock
MOL6348	Scientific Laboratory Supplies	EACH	18466.8 EUR
Piercable Adhesive Plate Seals
PCR0570	Scientific Laboratory Supplies	PK100	224.4 EUR
Piercable Adhesive Plate Seals
PCR0572	Scientific Laboratory Supplies	PK100	413.82 EUR
Slide 45o Edge Adhesive Pink
MIC3064	Scientific Laboratory Supplies	PK50	9.12 EUR
Slide 45o Edge Adhesive Blue
MIC3068	Scientific Laboratory Supplies	PK50	9.12 EUR
First Aid Sign Self Adhesive 210x148mm
E04YS	Scientific Laboratory Supplies	EACH	7.84 EUR
First Aid Sign Self Adhesive 297x210mm
E04ZS	Scientific Laboratory Supplies	EACH	10.44 EUR
Eztime Real - time PCRPremix 2x,SYBR Green
FYT103-100P	Yeastern Biotech	100 Preps 1.25 ml	Ask for price
Eztime Real - time PCRPremix 2x,SYBR Green
FYT103-400P	Yeastern Biotech	400 Preps 1.25 ml x 4	Ask for price
Eztime Real - time PCRPremix 2x,Taqman, ROX
FYT105-400P	Yeastern Biotech	400 Preps 1.25 ml x 4	Ask for price
Eztime Real - time PCRPremix 2x,Taqman, ROX
FYT106-100P	Yeastern Biotech	100 Preps 1.25 ml	Ask for price
Slide 45o Edge Adhesive White
MIC3060	Scientific Laboratory Supplies	PK50	11.37 EUR
Slide 45o Edge Adhesive Green
MIC3066	Scientific Laboratory Supplies	PK50	9.12 EUR
Slide 45o Edge Adhesive Yellow
MIC3062	Scientific Laboratory Supplies	PK50	9.12 EUR
Eztime Real - time PCRPremix 2x,SYBRGreen , ROX
FYT104-100P	Yeastern Biotech	100 Preps 1.25 ml	Ask for price
Eztime Real - time PCRPremix 2x,SYBRGreen , ROX
FYT104-400P	Yeastern Biotech	400 Preps 1.25 ml x 4	Ask for price
Adhesive waste bag 305 x 406 mm
DD45899	Scientific Laboratory Supplies	PK50	142.8 EUR
Adhesive Gas Permeable Plate Seals
GP505	GenDepot	50 seals	273.6 EUR
AzuraQuant cDNA Synthesis Kit - 100 Reactions
AZ-1996	Real Time Primers	100 Reactions	446.4 EUR
Slide 45 degree Edge Adhesive Orange
MIC3069	Scientific Laboratory Supplies	PK50	8.78 EUR
210x148mm Eye Wash Sign Self Adhesive
E22YS	Scientific Laboratory Supplies	EACH	6.53 EUR
Adhesive Clear Plate Seals, General Use
GP805	GenDepot	100 sheets	174 EUR
Green Dye One Step qRT-PCR Master Mix For Quantitative Real Time PCR With ROX Dye
MB1004-100Reactions	BosterBio	100 Reactions	392.4 EUR
ADHESIVE SEALER FOR MICRO-*TITERPLATE C
A5596-100EA	Scientific Laboratory Supplies	PK100	96.61 EUR
AzuraQuant cDNA Synthesis Kit - 25 Reactions
AZ-1995	Real Time Primers	25 Reactions	183.6 EUR
50G Degreasing Cotton and Adhesive Plaster
CT331-50	Bio Basic	1, 50g	62.09 EUR
100G Degreasing Cotton and Adhesive Plaster
CT331-100	Bio Basic	1, 100g	63.36 EUR
500G Degreasing Cotton and Adhesive Plaster
CT331-500	Bio Basic	1, 500g	75.02 EUR
Acrylic dispenser for adhesive tape 12 m
DD140264	Scientific Laboratory Supplies	EACH	169.2 EUR
BD Cell tak cell and tissue adhesive 1 mg
354240	Scientific Laboratory Supplies	EACH	342 EUR
BD Cell tak cell and tissue adhesive 5 mg
354241	Scientific Laboratory Supplies	EACH	1453.2 EUR
Slide 45o Edge Poly-l-lysine Pink Adhesive
MIC3074	Scientific Laboratory Supplies	PK50	16.06 EUR
Slide 45o Edge Poly-l-lysine Blue Adhesive
MIC3078	Scientific Laboratory Supplies	PK50	16.45 EUR
1 to 8C Adhesive Strip LCD temperature display
432091	Scientific Laboratory Supplies	PK4	62.4 EUR
Slide 45o Edge Poly-l-lysine White Adhesive
MIC3070	Scientific Laboratory Supplies	PK50	16.78 EUR
Slide 45o Edge Poly-l-lysine Green Adhesive
MIC3076	Scientific Laboratory Supplies	PK50	18.28 EUR
Slide 45o Edge Poly-l-lysine Yellow Adhesive
MIC3072	Scientific Laboratory Supplies	PK50	18.49 EUR
Novel Coronavirus COVID-19 (2019-nCoV) Real Time RT-PCR Kit
RR-0478-02	Liferiver	25 tests/kit	1189.2 EUR
Red Ultra Adhesive Quality Control Labels - Roll of 500
SAM1268	Scientific Laboratory Supplies	PK500	57.6 EUR
TurboQ Real-time PCR Machine with Laptop
MOL2700	Scientific Laboratory Supplies	EACH	33836.4 EUR
Slide 45 degree Edge Poly-l-lysine Orange Adhesive
MIC3079	Scientific Laboratory Supplies	PK1000	325.09 EUR
dsGreen for Real-Time PCR, 100×, 1 mL
41010	Lumiprobe	1 mL	298.8 EUR
dsGreen for Real-Time PCR, 100×, 10 mL
81010	Lumiprobe	10 mL	1042.8 EUR
dsGreen for Real-Time PCR, 100×, 5 mL
71010	Lumiprobe	5 mL	750 EUR
dsGreen for Real-Time PCR, 100×, 2 mL
61010	Lumiprobe	2 mL	435.6 EUR
CORNING® CELL-TAK™ CELL AND TISSUE ADHESIVE, 10MG
354242	CORNING	1/pk	2426.4 EUR
Red Quality Control Ultra Adhesive. Roll of 250 - 150 x 150mm
SAM1270	Scientific Laboratory Supplies	PK250	70.8 EUR
Azura PureView 1 Kb DNA Ladder - 100 Lanes
AZ-1101	Real Time Primers	100 Lanes	140.4 EUR
Azura PureView 1 Kb DNA Ladder - 500 Lanes
AZ-1105	Real Time Primers	500 Lanes	277.2 EUR
Azura PureView 1 Kb DNA Ladder - 1000 Lanes
AZ-1105-2	Real Time Primers	1000 Lanes	326.4 EUR
Azura PureView 250bp DNA Ladder - 100 Lanes
AZ-1121	Real Time Primers	100 Lanes	140.4 EUR
Azura PureView 250bp DNA Ladder - 500 Lanes
AZ-1125	Real Time Primers	500 Lanes	277.2 EUR
Azura PureView 250bp DNA Ladder - 1000 Lanes
AZ-1125-2	Real Time Primers	1000 Lanes	326.4 EUR
Azura PureView 100bp DNA Ladder - 100 Lanes
AZ-1131	Real Time Primers	100 Lanes	140.4 EUR
Azura PureView 100bp DNA Ladder - 500 Lanes
AZ-1135	Real Time Primers	500 Lanes	277.2 EUR
Azura PureView 100bp DNA Ladder - 1000 Lanes
AZ-1135-2	Real Time Primers	1000 Lanes	326.4 EUR
Azura PureView 50bp DNA Ladder - 100 Lanes
AZ-1151	Real Time Primers	100 Lanes	140.4 EUR

Ilościowe testy PCR w czasie rzeczywistym do jednoczesnej diagnozy wirusa zakaźnego zapalenia krtani i tchawicy, wirusa choroby Newcastle i ptasiego metapneumowirusa u drobiu

Choroba rzekomego pomoru drobiu (ND), zakaźne zapalenie krtani i tchawicy (ILT) i ptasi metapneumowirus (aMPV) mogą być podobne, co sprawia, że ich szybkie odróżnienie ma kluczowe znaczenie. Tutaj dostosowaliśmy istniejące wcześniej molekularne testy diagnostyczne dla NDV i ILTV oraz opracowaliśmy nowe testy dla aMPV A i B do stosowania w zsynchronizowanych warunkach termocyklingu. Wszystkie testy wykonano równoważnie z liniowością w zakresie dynamicznym 5 log ₁₀ , powtarzalnym (R² > 0,99) limitem wykrywania ≥ 10 kopii docelowych i wydajnościami amplifikacji między 86,8%-98,2%. Użycie próbek biologicznych dla NDV i ILTV wykazało 100% specyficzność. Identyczne warunki amplifikacji uproszczą procedury wykrywania w laboratoriach diagnostycznych.