Scientific Society International Medical Student Conference

Choroba koronawirusa 2019 (COVID-19) ma duże znaczenie dla zdrowia publicznego i z jej próbką należy obchodzić się bezpiecznie ze względu na obawy dotyczące potencjalnego przenoszenia na pracowników służby zdrowia. Inaktywacja termiczna próbki przed izolacją kwasu nukleinowego może umożliwić bezpieczne procesy testowe. Dlatego ważne jest, aby ocenić wpływ inaktywacji cieplnej na wykrywanie SARS-CoV-2 RT-PCR w warunkach ograniczonych zasobów.

Badanie eksperymentalne przeprowadzono w Ethiopian Public Health Institute (EPHI) od 25 września do 15 października 2020 r. Łącznie pobrano 188 wymazów z jamy ustnej i gardła z przypadków podejrzanych o COVID-19, skierowanych do EPHI w celu wykonania testu SARS COV-2. Jedna partia próbki była inaktywowana w temperaturze 56°C przez 30 min, a druga partia była przechowywana w 4°C przez podobny okres czasu. Ekstrakcję i detekcję RNA przeprowadzono za pomocą protokołów zestawu DAAN Gene . Do amplifikacji i detekcji zastosowano Abbott m2000 RT-PCR. Analizę danych przeprowadzono przy użyciu SPSS w wersji 23.0; Do analizy jakościowej i półilościowej zastosowano test korelacji chi-kwadrat i Pearsona. Za istotną statystycznie uznano wartość p < 0,05.

Spośród wszystkich 188 próbek 119 (63,3%) było pozytywnych, a 69 (36,7%) negatywnych w grupie nieinaktywowanej. Natomiast 115 (61,2%) próbek było pozytywnych, a 73 (38,8) negatywnych w partii próbek inaktywowanych termicznie. Wskaźnik dodatniości między grupami nie wykazywał statystycznie istotnej różnicy (p > 0,05). Średnia różnica wartości progu cyklu (Ct) pomiędzy dwiema grupami genu ORF1a/b i genu N wyniosła 0,042 (95% CI – 0,247-0,331; t = 0,28; p = 0,774) i 0,38 (95% CI 0,097-0,682; t = 2,638; p = 0,010).

Inaktywacja termiczna w 56°C przez 30 min nie wpłynęła na jakościową detekcję rRT-PCR SARS-CoV-2. Jednak odkrycie wykazało, że wystąpił statystycznie istotny wzrost wartości Ct po inaktywacji termicznej w porównaniu z próbkami niepoddanymi obróbce. Dlatego też fałszywie ujemne wyniki dla próbek o wysokiej wartości Ct (Ct > 35) okazały się wyzwaniem dla tego protokołu. Dlatego należy zbadać alternatywne metody inaktywacji i rozważyć dalsze badania.